Die SS-Wachtruppe terrorisierte die Häftlinge. Aufgrund von Zuständigkeitsstreitigkeiten zwischen dem preußischem Staat und der SS löste im November 1933 zunächst Polizei und anschließend eine Wachmannschaft der SA die SS ab. Die unmenschliche Behandlung der Häftlinge änderte sich unter der SA-Wachmannschaft nicht. Im April 1934 wurde das Lager als KZ aufgelöst und als Strafgefangenenlager der Justiz weitergeführt. Die Bewachung übernahm eine im Dienst der Justiz stehende SA-Einheit, die später durch Justizbeamte ergänzt wurde. Durch eine Erweiterung stieg 1937 die Aufnahmekapazität des Lagers auf 1.500 Gefangene.
Die Lagerstraße teilte das das in einen umzäunten Teil mit den Gefangenenbaracken und einen Teil für Lagerverwaltung und Wachmannschaften inmitten einer neu angelegten Parkanlage. Von diesem Park sind heute noch Teile erhalten. In der Nähe des Lagers, an der Nord-Süd-Straße, bauten die Gefangenen das von Adolf Hitler für die SA-Wachmannschaften gestiftete und 1936 eingeweihte „Emslandhaus“ mit Festsaal.
Bis Kriegsbeginn waren Menschen im Lager inhaftiert, die vom NS-Regime aus politischen, rassistischen, sozialen oder religiösen Gründen verfolgt wurden. Hinzu kam eine weitaus größere Gruppe von Gefangenen, die für kriminelle Delikte verurteilt worden waren.
Die Gefangenen mussten, je nach Jahreszeit, 8 bis 12 Stunden täglich Zwangsarbeit im Moor leisten (Entwässerung, Straßen- und Wegebau, Torfabbau). Nach Kriegsbeginn 1939 wurden sie zunehmend in kriegswichtigen Betrieben und in der Landwirtschaft eingesetzt. Die Verpflegung war schlecht und im Verhältnis zur harten Arbeit nicht ausreichend. Über diese allgemeine Tortur hinaus waren die Gefangenen vielfachen körperlichen und seelischen Misshandlungen durch die Wachmannschaften ausgesetzt.
Von 1940 bis Ende 1942 waren bis zu 1.750 polnische Gefangene im Lager inhaftiert. Hinzu kamen etwa 70 jüdische Gefangene. Ab 1943 wurden hier vor allem von Wehrmachtgerichten verurteilte, ehemalige Soldaten untergebracht. Im Februar 1945 befanden sich noch 281 Gefangene im Lager.
Standesamtlich sind 248 Todesfälle beurkundet. Die tatsächliche Zahl dürfte aber höher liegen. Die Toten wurden auf dem Lagerfriedhof Börgermoor, heute Begräbnisstätte Esterwegen, beerdigt