Bevor die Justiz das Lager belegte, wurden im Sommer 1938 einige Baracken abgebaut und in die Pfalz transportiert, wo Strafgefangene zur Zwangsarbeit beim Bau von Festungsanlagen am „Westwall“ eingesetzt waren. Nach dem Rücktransport der Baracken konnte der Wiederaufbau des Lagers im Mai 1939 abgeschlossen werden. Es wurde vor dem Beginn des Zweiten Weltkrieges nicht mehr mit Strafgefangenen belegt.

Nach Kriegsbeginn im September 1939 übernahm das Oberkommando der Wehrmacht das Lager als Kriegsgefangenenlager und ordnete es als Zweiglager dem Kriegsgefangenen-Mannschaftsstammlager VI C Bathorn zu. 1939 war es ein Durchgangslager für polnische und westeuropäische Kriegsgefangene. Ab 1941 war es mit 2.700 sowjetischen Kriegsgefangenen belegt.

Insbesondere die sowjetischen Kriegsgefangenen litten aufgrund der nationalsozialistischen Rassenideologie unter einer rücksichtslosen Behandlung. Die unzureichende Ernährung und die mangelhaften hygienischen Verhältnisse in den überbelegten Baracken forderten zahllose Opfer. Allein im Lager Wietmarschen starben im Januar 1944 151 Kriegsgefangene an Tuberkulose.

Nachdem die Kultivierungsarbeit 1941 eingestellt worden war, setzte die deutsche Führung die Kriegsgefangenen zunehmend in der Landwirtschaft und in gewerblichen Unternehmen – vor allem in Torf- und Tonwerken sowie Ziegeleien – ein.

Die im Lager Wietmarschen verstorbenen Kriegsgefangenen wurden bis etwa August 1944 auf dem Friedhof in Dalum beerdigt. Auf der Kriegsgräberstätte Füchtenfeld (Lager Wietmarschen) ruhen heute etwa 150 unbekannte Kriegsgefangene.