Erste Planungen vom Dezember 1936, das Lager auf eine Kapazität von 1.000 Gefangenen zu erweitern, wurden bis 1939 umgesetzt. Die tatsächliche Belegung schwankte aber in der Folgezeit stark.

Bis Kriegsbeginn waren Menschen inhaftiert, die vom NS-Regime aus politischen, rassistischen, sozialen oder religiösen Gründen verfolgt wurden. Hinzu kam eine weitaus größere Gruppe von Gefangenen, die für kriminelle Delikte verurteilt worden waren. Während des Krieges belegte die Justiz das Lager vorwiegend mit von Wehrmachtgerichten verurteilten, ehemaligen Soldaten. Daneben waren auch ausländische Gefangene aus den von Deutschland besetzten oder annektierten Gebieten (Polen, Tschechen, Luxemburger und andere) hier eingesperrt.

Die Gefangenen mussten, je nach Jahreszeit, 8-12 Stunden täglich Zwangsarbeit im Moor leisten (Entwässerung, Straßen- und Wegebau, Torfabbau). Nach Kriegsbeginn 1939 wurden sie zunehmend in kriegswichtigen Betrieben und in der Landwirtschaft eingesetzt. Die Verpflegung war schlecht und im Verhältnis zur harten Arbeit nicht ausreichend. Über diese allgemeine Tortur hinaus waren die Gefangenen vielfachen körperlichen und seelischen Misshandlungen durch die Wachmannschaften ausgesetzt.

Im Februar 1945 waren noch 167 Strafgefangene im Lager Walchum inhaftiert. Sie wurden Anfang April 1945 in das Lager Aschendorfermoor verlegt.

Standesamtlich sind 71 Todesfälle beurkundet; die tatsächliche Zahl dürfte aber höher liegen. Die Toten wurden auf dem Lagerfriedhof Börgermoor, heute Begräbnisstätte Esterwegen, beerdigt.