Das Lager Versen wurde im Sommer 1938 für insgesamt 1.500 Häftlinge fertig gestellt. Im Mai 1939 wurden die ersten Strafgefangenen eingewiesen und im Sommer war das Lager mit bereits ca. 900 Gefangenen belegt.

Bis Kriegsbeginn waren Menschen inhaftiert, die vom NS-Regime aus politischen, rassistischen, sozialen oder religiösen Gründen verfolgt wurden. Hinzu kam eine weitaus größere Gruppe von Gefangenen, die für kriminelle Delikte verurteilt worden waren.

Nach Kriegsbeginn im September 1939 übernahm das Oberkommando der Wehrmacht das Lager als Kriegsgefangenen-Mannschaftsstammlager VI B, bevor sie es im Mai 1942 dem Stammlager VI C Bathorn angliederte. Im Dezember 1939 war das Lager Versen mit 50 Kriegsgefangenen belegt. Die Zahl erhöhte sich bis September 1941 auf 300. 1943/44 nahm das Lager Versen vor allem italienische Militärinternierte auf. Bis 1941 wurden die Kriegsgefangenen auch zur Moorkultivierung herangezogen. Später arbeiteten sie in der Landwirtschaft und gewerblichen Betrieben, vor allem in Ziegeleien, Tongruben und Torfwerken.

Ab November 1944 übernahm die SS das Lager als Außenlager des KZ Neuengamme (bei Hamburg). Die KZ-Häftlinge mussten im Winter 1944/45 Verteidigungsstellungen anlegen. Wegen unzureichender Ernährung, Kleidung und Unterbringung starben bei dem harten Arbeitseinsatz hunderte Häftlinge. Hinzu kamen willkürliche Übergriffe der Wachmannschaften. Am 25. März 1945 wurde das Außenlager Versen aufgelöst. Die SS transportierte die KZ-Häftlinge vor den heranrückenden alliierten Truppen über Cloppenburg in Richtung Neuengamme.

Auf der Kriegsgräberstätte Versen befinden sich nach Exhumierungen in den 1950er Jahren heute noch die Grabstätten von 297 verstorbenen Häftlingen aus dem Außenlager des KZ Neuengamme und von 71 im Jahr 1955 hierher umgebetteten KZ-Häftlingen der emsländischen KZ Börgermoor, Esterwegen und Neusustrum.