Le village est détruit par des mercenaires suédois pendant la guerre de Trente Ans.
En 1789, cette localité dépend de la province de Champagne dans le bailliage de Chaumont et la prévôté d'Andelot.
Au début du XXe siècle, Morteau était la plus petite commune de France avec une population de 11 habitants. On peut le trouver écrit sur des cartes postales anciennes sous cette forme: " 11 habitants, 4 électeurs".
Le 1er janvier 1969, la commune de Morteau est rattachée à celle de Cirey-lès-Mareilles sous le régime de la fusion simple[
Morteau est constitué :
– d’une maison forte XVIe siècle (classée MH) avec ses dépendances.
– d’un pigeonnier XVIIIe siècle (inscrit à l’ISMH),
– d’une église romane du XIIe siècle avec ermitage (inscrite à l’ISMH) au milieu d’un bois où subsistent les vestiges de l’ancien village médiéval de Morteau.