La première mention écrite du village date du XIe siècle. En effet, une abbesse de Montivilliers achète 100 acres de terre pour en employer les revenus à la construction de son église abbatiale de sainte Marie : « in villâ que dicitur Fontenes ad opus ecclesiae Sancta Mariae », attesté sous la forme de Fontibus au XIIe siècle13. Dans un registre du secrétariat de l’archevêché de Rouen, datant de 1479-1480, on peut lire « Parochia de Fontibus la mallet »[réf. nécessaire]
Fontenes ou fontes qui signifie en latin « fontaine » ou « source » est à l’origine de l’appellation de cette commune, ce qui paraît plausible car de nombreuses sources émergent du sol. Fontaine-la-Mallet se trouve à la source d'un affluent de la Lézarde13.
Le qualificatif la-Mallet est emprunté à la famille Mallet de Graville, propriétaire de la « terre de Crasville » au XIVe siècle13 : Guillaume Malet donne aux religieux du prieuré de Graville sainte Honorine le patronage de certaines églises dont celle de Saint-Valery-de-Fontaine.