Meussia est une commune nichée sur la bordure orientale du premier plateau du Jura.
A proximité du lac de Vouglans, elle est située entre les bourgs d'Orgelet (10 km), Clairvaux-les-Lacs (10 km) et Moirans-en-Montagne (9 km) et à environ 30 km de Lons-le-Saunier et Saint-Claude.