La localité, attestée sous la forme Fontaines entre 1185 en 1207, se trouve à la source du Robec.
L’étymologie du lieu indique la présence de sources situées sous le village de Préaux, ce dernier vocable signifiant « petits prés ».
C'est sur le territoire de Fontaine-sous-Préaux que prend sa source le Robec, affluent de la Seine.