Dieses Kirchlein an der Passauer Straße wurde Mitte des 16. Jahrhunderts für Pestkranke und Aussätzige zu Ehren der Pestpatrone St. Alexius und Lazarus errichtet. Es war früher von einem Friedhof für Fremde, Pestopfer und hingerichtete Verbrecher umgeben. 1962 wurde die Kapelle aufgrund von Straßenbaumaßnahmen einige Meter südostwärts versetzt und 1994 renoviert.
1743 weisen die Totenbücher der Pfarrei Pfarrkirchen mehr als 300 Pesttote auf (bei ca. 900 Einwohnern), die auf dem Pestfriedhof des Marktes rund um das Alexi-Kirchlein bestattet worden sind.
Die Kapelle ist nicht öffentlich zugänglich.