En retrait du massif dunaire, la dépression naturelle des Moëres ne bénéficie du système de wateringues qu'au xviie siècle. À l'époque, les Moëres étaient une vaste lagune. Pour une partie, l'abbaye des Dunes y exerçait un droit de pêche, tandis que le reste était encore un vaste marécage réputé propice à quelques maladies endémiques (il n'existait ni égout ni fosses septiques ni station d'épuration autour des noyaux de populations), voir Les Moëres.
Les Moëres furent longtemps une possession espagnole : par les héritages successifs, le comté de Flandre, dont dépendait le territoire actuel des Moëres, passe aux ducs de Bourgogne puis aux rois d'Espagne. Leurs représentants au xviie siècle, les archiducs Albert et Isabelle, désireux d'exploiter ces terres et de les rendre vivables font appel à Wenceslas Cobergher, qui entreprend en 1619 l'assèchement de la Petite et de la Grande Moëre. 23 moulins à vent exondent l'eau qui est rejetée sans fin dans le Ringsloot, un fossé-digue ceinturant le marais. Un réseau de canaux, de rigoles, de watergangs complète le dispositif de poldérisation qui fonctionne encore aujourd'hui et qui doit être maintenu en état sous peine de ré-inonder cette zone aujourd'hui non seulement cultivée, mais habitée par des milliers de gens.
En septembre 1646, lors du début du siège de Dunkerque par les français, (la France et l'Espagne s'affrontent dans la région depuis près de deux siècles, depuis la rivalité entre François Ier et Charles Quint jusqu'aux guerres de conquête de Louis XIV), le représentant du roi d'Espagne commandant à Dunkerque, le marquis de Leyde fait ouvrir les écluses pour inonder la campagne et empêcher le progression de l'ennemi (cette opération d'ouverture des écluses pour provoquer l'inondation fut plusieurs fois utilisée au cours des siècles). Les Moëres qui avaient été drainées et asséchées depuis 20 ans, habitées et cultivées, sont de nouveau sous l'eau, seule l'église,construite en 1632, émergeait. En 1647, des déserteurs espagnols réfugiés dans l'église des Moëres, violent, pillent et tuent à travers les campagnes environnantes, jusqu'à ce qu'en 1650, un ouragan dévaste la paroisse et emporte la barque des déserteurs, ceux-ci bloqués dans l'église moururent de faim[2]. L'église disparut elle aussi et ne sera reconstruite qu'en 1826[3].
Antoine Ricouart d'Hérouville, comte d'Hérouville, a fait défricher au début du xviiie siècle la plaine de Ghyvelde, qu'il venait de recevoir du roi Louis XIV à l'état de terres incultes, à la même époque qu'il fit dessécher les terres marécageuses des Moëres qu'il avait également reçues. Le roi appréciant cette action érigea ces terres en seigneurie pour le remercier. Par lettres du 23 février 1716 et du 12 novembre 1758, le comte reçut le titre de seigneur de Moerlandt avec haute justice (droit de prononcer la peine de mort voir justice seigneuriale)[4].
Depuis la destruction de Thérouanne par Charles Quint en 1553, et la disparition du diocèse de Thérouanne, Les Moëres comme toute cette partie de la Flandre française relève du diocèse d'Ypres. La paroisse dépend alors du doyenné de Bergues[3].
Après les périodes troubles de la Révolution , et notamment l'épisode du siège de Dunkerque par les nations coalisées contre la France et qui mena à la bataille d'Hondschoote en 1793, le travail est à reprendre : le chevalier Jean-Louis De Buyser de Dunkerque se met à l'ouvrage, action qui profite à toute la région[5].
Première Guerre mondiale
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Pendant la Première Guerre mondiale, Hondschoote est de 1915 à 1918, le siège d'un commandement d'étapes, c'est-à-dire un élément de l'armée, organisant le stationnement de troupes, comprenant souvent des chevaux, pendant un temps plus ou moins long, sur les communes dépendant du commandement, en arrière du front. En 1917, Les Moëres est une des communes dépendant de ce commandement d'étapes, ayant donc, à ce titre, accueilli des troupes, dont des belges[6]. En début 1917, Bray-Dunes, Ghyvelde, Les Moëres accueillent nombre de troupes belges : infanterie, artillerie, génie[7]...
Le 10 août 1916, un avion parti de Dunkerque, en panne, s'est posé aux Moëres. En atterrissant, l'hélice s'est fendue. Les autorités militaires belges ont aussitôt fourni un piquet de garde[8].
En février 1917, la distillerie des Moëres emploie des prisonniers de guerre. Ils sont surveillés et encadrés par un peloton de garde spécifiquement attaché à ce travail[9]'[10].
Le 13 septembre 1917, deux bombes ont été lancées sur Le Moëres. Elles n'ont pas éclaté. Le service des munitions a été prévenu afin qu'il les prenne en charge[11].
Le 5 décembre 1917, un cas de diphtérie s'est déclaré dans la ferme Mormentyn située sur la commune des Moëres. Cela a obligé les troupes belges qui y cantonnaient (15 hommes, 26 chevaux) à évacuer d'urgence les lieux. Le fils de famille va à l'école de Ghyvelde. Il y a déjà eu un cas de diphtérie, suivi de mort trois semaines plus tôt environ et l'enfant décédé allait également à l'école de Ghyvelde[12].
Depuis 1918
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Entre les deux guerres mondiales, Les Moëres font partie du dispositif de défense de la France contre une éventuelle offensive allemande : en cas de besoin, il est prévu d'y provoquer une inondation défensive pour bloquer les troupes ennemies. On y construit également des blockhaus intégrés à une suite continue de constructions défensives allant de Bray-Dunes à Bailleul : voir secteur fortifié des Flandres, partie intégrante de la ligne Maginot.
Prospective : cette zone est l'une des plus vulnérables au risque de montée du niveau de la mer induit par les modifications climatiques globales