Fondée par un arrêt du Conseil d’État, la saline royale de Montmorot est construite entre 1744 et 1752 sur les plans de l’ingénieur Jean Querret du Bois. Elle comprenait les bâtiments d’exploitation (réservoirs de saumure, ateliers d’évaporation et de conditionnement, magasins) et les dépendances (forge, charpenterie, logement). Captée dans les sources voisines, l’eau salée est amenée à la saline via de longs bâtiments de graduation permettant, à l’instar de celui qui sera construit à Arc-et-Senans, de concentrer la saumure.
Après 1830, l’exploitation de la couche de sel gemme parpuits « de sondage » permet d’obtenir une eau beaucoup plus concentrée en sel. La saline est agrandie vers 1843 et devient la plus importante de Franche-Comté. Elle produit annuellement jusqu’à 20 000 tonnes de sel à la fin du XIX ème siècle. Des poêles d’évaporation sont remplacées en 1925 par un évaporateur clos à triple effet, puis par un appareil à thermocompression après la Seconde Guerre mondiale.
Malgré ces modernisations, la saline ferme ses portes en 1966. Des constructions du milieu du XVIII ème siècle, il ne subsiste que la porte d’entrée, datée de 1744. Les bâtiments situés immédiatement en arrière ont été démolis, alors que d’autres ont été reconvertis à usage commercial.