L'origine des Minions remonte à la nuit des temps, lorsqu'il n'y avait presque rien sur Terre. Simples petits êtres jaunes au tout début, les Minions ont un peu évolué au fil du temps, et se sont toujours mis au service des grands moches et méchants de ce monde, du tyrannosaure à Gru, en passant par Dracula et Napoléon. Cependant, les disparitions successives de tous leurs maîtres ont plongé les Minions dans la dépression.
Mais heureusement, un beau jour, un Minion nommé Kévin décide de prendre le destin des siens en main. Il part alors, avec ses deux acolytes Stuart et Bob, à la recherche d'un nouveau patron moche et méchant.
Nos trois Minions entament alors une fantastique aventure qui va les mener du pôle Sud au New York des années 1960. Là, ils trouveront enfin un nouveau maître, ou plutôt une nouvelle maîtresse : Scarlet Overkill, la première super-méchante de l'Histoire ! Mais comme toujours, après un bon début de collaboration, les choses vont rapidement se gâter. Scarlet Overkill deviendra l’ennemie des Minions et tentera de les faire disparaître de la surface de la Terre...