L’église Saint Cyr a été construite au XIIIe siècle.
Après la Révolution, l’église récupère le banc d’œuvre de la confrérie des mariniers de la chapelle Saint-Nicolas, qui se trouvait dans l’église Saint-Loup, place du coche d’eau à Auxerre. Ce banc est daté de 1672.
En 1847, la toiture de la nef est consolidée, une fenêtre est ouverte près de la chapelle de la Sainte Vierge.
En 1864, la nef est reconstruite dans le style du chœur.
Un architecte à Auxerre, M. Labrune, établit deux travées dont les voûtes s’élèvent à la hauteur de celle du chœur, de façon que l’arc-doubleau séparant les travées retombe au milieu des deux piédroits des arcades latérales. Les quatre angles des travées reçoivent les arcs d’ogives sur des colonnettes rondes.
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