Le prieuré Saint-Pierre de Besse, donné en 1030 à l'abbaye de Montmajour et Correns, est acheté en 1221 par l'abbaye de La Celle. En 1045, Besse est un village qui devient indépendant au cours du XIIe siècle. En 1246, le castrum de Besse appartient à la collégiale de Pignans à laquelle est unie en 1380 l’église Saint-Pierre, qui fait partie du diocèse d'Aix. Mises à part une porte de ville et la chapelle du cimetière, il ne reste pas de vestiges antérieurs au XVIe siècle.
En 1707, Besse est ravagée par les impériaux. En 1720, 387 habitants meurent de l’épidémie de peste. L’église paroissiale est reconstruite au milieu du XVIIe siècle, le château au début du XVIIIe siècle.
Peu avant la Révolution française, l’agitation monte. Outre les problèmes fiscaux présents depuis plusieurs années, la récolte de 1788 avait été mauvaise et l’hiver 1788-1989 très froid. L’élection des États généraux de 1789 avait été préparée par celles des États de Provence de 1788 et de janvier 1789, ce qui avait contribué à faire ressortir les oppositions politiques de classe et à provoquer une certaine agitation. C’est au moment de la rédaction des cahiers de doléances, fin mars, qu’une vague insurrectionnelle secoue la Provence. Une émeute frumentaire se produit à Besse les 27 et 28 mars. Des paysans, menés par un élément de la bourgeoisie, le négociant Jean Tourtour (ce qui est exceptionnel), se révoltent contre les prix trop élevés du grain, et probablement aussi contre de vieilles injustices. Elle parvient à obtenir la destitution du greffier de la communauté et le viguier du seigneur. Le château est pillé. Enfin, le conseil municipal est contraint d’organiser une délégation auprès du seigneur, chargée de défendre les demandes populaires et le pillage du château. Dans un premier temps, la réaction consiste dans le rassemblement d’effectifs de la maréchaussée sur place. Une garde bourgeoise est aussi créée, pour pallier une éventuelle nouvelle insurrection. Puis des poursuites judiciaires sont diligentées, mais les condamnations ne sont pas exécutées, la prise de la Bastille comme les troubles de la Grande Peur provoquant, par mesure d’apaisement, une amnistie début août.
Le village est prospère au XVIIIe siècle et continue à s’étendre au XIXe siècle, en particulier au sud-ouest et tout le long de la route Flassans-sur-Issole - Carnoules. En 1812, Besse compte 344 maisons, 52 écuries, 15 écuries et greniers, 1 écurie, 5 caves et bergeries, 2 hangars, 10 fabriques d’eau de vie, 1 pressoir à vis, 3 fours à pain publics, 94 jardins et 29 cours.
Mais le village possède aussi de nombreux moulins : le canal des moulins de Besse moulin à farine, moulin à plâtre, moulins à huile dont le moulin à huile « des amis du moulin », la réserve à huile de Marius Laouche, le moulin Notre-Dame et des moulins détruits