Les huîtres se nourrissent en filtrant l'eau. Elles peuvent donc s'intoxiquer, notamment au stade larvaire, dans une eau polluée (par exemple par le cuivre ou les organoétains toxiques libérés dans l'eau de mer par certains antifoulings. L'acidification des océans dû aux émissions humaines excessives de gaz carbonique dans l'air commence aussi à poser des problèmes aux larves qui dans une eau trop acide ne peuvent plus normalement synthétiser leur coquille larvaire (dite « prodissoconque »).
Elles peuvent aussi modifier l'écosystème, après y avoir été introduites par l'homme. Comme la conchyliculture en général, et comme l'élevage de moules à grande échelle en particulier[30], les installations d'élevage quand elles sont de taille importante peuvent notamment localement modifier la vitesse des courants et la dynamique sédimentaire[31]. Ces effets sédimentaires et de biodéposition peuvent se faire sentir de manière exacerbée dans les zones faiblement profondes où la sédimentation est active comme dans la Baie du Mont Saint-Michel.