Dunes se situe à environ 20 km d'Agen sur les collines longeant la vallée de la Garonne. La commune se trouve à l'extrémité ouest du département de Tarn-et-Garonne et elle est limitrophe de ceux du Gers et de Lot-et-Garonne.
Le village est situé dans le Pays du Brulhois, zone s'étendant sur la rive gauche de la Garonne de Laplume à Auvillar en passant par Layrac.
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