Construite sur la voie romaine allant de Vienna à Geneva en passant par Condate (Seyssel).
Première mention d'une chapelle en 1190, visitée au XVe par les Evêques de Genève et François de Sales en 1606.
En octobre 1590, les troupes Bernoises et Genevoises incendient Frangy, le château de Thiollaz ainsi que la chapelle de St-Jean.
Vandalisée à la Révolution Française puis rachetée aux enchères par Claude François Bastian (1764-1838) (notaire et maire) de Frangy en 1795.
Restaurée de 1819 à 1822 sur ordre de l'Abbé Thiollaz puis consacrée en 1826 par Monseigneur Claude-François de Thiollaz, devenu le 1er évêque d'Annecy.
Des messes y sont célèbrées notamment pour la Saint Jean Baptiste.
Plusieurs membres de la famille De Thiollaz y sont enterrés depuis 1312 dont Gaspard de Thiollaz, châtelain de Chaumont en 1572.