Le village se situe dans la vallée de la Viosne, petite rivière du Vexin français et aux portes de l'agglomération de Cergy-Pontoise, à environ 35 km au nord-ouest de Paris.
L'aérodrome de Pontoise-Cormeilles, destiné aux avions de tourisme et de loisir, est situé en partie sur le territoire de la commune.
La chaussée Jules César et la source romaine sont les plus anciennes traces d'occupation visibles sur le territoire de la commune. Le village fut donné à l'abbaye de Saint-Denis en 1071. Situé sur une voie stratégique de Beauvais à la Seine, Boissy-l'Aillerie était le premier bastion fortifié de Pontoise. Le village était entouré d'une enceinte de neuf tours et quatre portes.
Inclus au départ dans le périmètre de la ville nouvelle de Cergy-Pontoise, le village en fut volontairement retiré par la suite. Il est resté une commune rurale du Vexin, possédant néanmoins une importante zone industrielle au nord de la commune.