Construite au début du XVIe siècle, la chapelle était alors plus longue qu'aujourd’hui, le clocher à double flèche surmontant le milieu de l'édifice. Restaurée en 1823, elle fut réduite de moitié, le clocher se retrouvant ainsi au-dessus du chœur, lui-même adossé au majestueux arc central de l’ancienne chapelle ce qui donne à l'ensemble une allure singulière pour la région.
Chaque année, le pardon de Bodonou est célébré le dimanche qui suit le 8 septembre.
La cache se situe à l'entrée de la "chapelle naturelle" dans laquelle se déroule ce pardon.