Le village de Germigny devient la résidence de campagne des évêques de Meaux. Son surnom, « l'Évêque », apparaît au 14e siècle. Bossuet, qui fut évêque de Meaux de 1681 à 1704, aimait y séjourner.
Cette église remplace un ancien édifice, démoli à la demande de l'évêque de Ligny, évêque de Meaux en 1659 et prédécesseur de Bossuet.
Son clocher à bulbe, datant du 17e siècle a été remplacé au 19e siècle.