La première mention du village date de 1190 ; il fait partie de la seigneurie de Ferrette qui passe aux Habsbourg en 1324 ; au xixe siècle il y a deux tuileries et des ateliers de poterie ; la paroisse dépendait de l'abbaye de Lucelle et était desservie par un cistercien du prieuré voisin de Saint-Apollinaire.
Le nom de la localité a varié selon les époques et selon la langue officielle germanique ou française, on retrouve ainsi différentes variantes : Folchenspurg, Folgeburg, Folgensburg ...
L’étymologie du nom du village vient probablement du nom alémanique "Wolkensburg" signifiant "château des nuages", évoquant d'une part l'altitude élevée de la commune (la mairie est située à 450 m d'altitude) qui domine Bâle et la plaine d'Alsace, et d'autre part se rapportant très certainement au château construit dans la localité au Moyen Âge, aujourd'hui disparu.
Néanmoins, en 1850, le village portait le nom de Volkensberg, ce qui peut aussi signifier "montagne aux nuages" ou encore "montagne des peuples", cette dernière étant moins probable.
Folgensbourg est entouré de champs et d'une forêt où il est agréable de se promener et de pratiquer la course à pied !