L’histoire de Boury est riche en événements et en vestiges du passé. Son peuplement remonte au temps les plus anciens. La fréquentation du site depuis le Néolithique (5000 à 3000 av. J.-C.) est attestée par la découverte en de nombreux endroits d’outils en pierre taillée ou polie (couteaux à moissonner, haches, grattoirs, pointes, perçoirs). La présence dans les terres cultivées de nombreux débris de silex fait supposer qu’il y avait plusieurs sites du travail de la pierre, l’un au nord du village sur les Groux, l’autre au sud sur le plateau entre Parnes et Boury.
En 57 av. J.-C., César entreprend la conquête des Gaules et après avoir vaincu Vercingétorix à Alésia, il battit à Clermont, en 51 av. J.-C., Coréus, chef des tribus gauloises bellovaques et véliocasses, ces derniers étant ceux qui habitaient Boury. Le pays des Véliocasses faisait partie, à l’arrivée de Jules César, de la Gaule Belgique et s'étendait au-delà de Rotomagus le long de la Seine, dont cette dernière ville était la capitale. Auguste, successeur de J. César, divisa les Gaules en provinces romaines et le pays des Veliocasses fit partie de la Seconde Lyonnaise avec Rouen pour métropole. La paix romaine marqua d’une empreinte définitive les débuts de notre civilisation : la romanisation a pénétré en douceur la société gauloise, lui apportant des améliorations mais bénéficiant en retour d’une bonne exploitation du territoire et de ses ressources, en particulier agriculture et élevage qui étaient plus performants en Gaule qu'en Italie. Elle conduisit à un habitat dispersé. Plusieurs villas gallo-romaines, exploitations agricoles vivant plus ou moins en autarcie, se répartirent alors sur le territoire de la commune. Les tuiles épaisses à gros rebord, les débris de poterie qui parsèment les terres à l'endroit où se dressaient les bâtiments en sont la preuve. Les emplacements sont nombreux aux lieux-dits le Bois Cordonnier, la Terre Potard, la Cucque, la Chartre. Près de Beaujardin, à la Terre-Potard on découvre des thermes gallo-romains avec hypocauste ou foyer souterrain, et près de Montbines, au lieu-dit la Tuile (que l'on prononçait Thieule autrefois), un trésor de 54 pièces en bronze d'époque romaine, postérieures au Ier siècle de notre ère, fut découvert en 1834.