Le village, dont l'origine du nom est Cippeletum, " lieu de la palissade", reçut le nom de Sépeaux à partir du XV°siècle , lors de la création des fossés. Ils entourent encore le bourg en formant un polygone à sept côtés. Sur l'un d'eux, l'église fondée avant 480, fut rebâtie sous le règne de Louis XII.