Cette chapelle romane a été construite au Xe ou XIe siècle et cédé Humbert II de Beaujeu à l'Abbaye de Savigny en 1086. Église mentionnée en 1033 , 1086 et 1117 dans le cartulaire de Savigny.
Elle fut jusqu'à la Révolution, l'église paroissiale de l'ancienne commune Ouilly et Sainte-Agathe en était la Sainte patronne.
Fermée en 1791 puis transformée en temple de la raison. En 1816 une famille qui occupait illégalement l'église fut chassée. En 1818 des réparations furent effectuées et l'église perdit son titre d'église au profit de celui de Chapelle.
En 1853 ; la commune est supprimée et l'église et le bourg sont rattachés à Gleizé.
En 1906 , la commune de Gleizé décide de vendre l'édifice et le cimetière qui jouxtait la chapelle [4]. Le 17 février 1907 elle est vendu à un particulier.
En 1962 elle devient propriété du diocèse qui la met à disposition d'une association d'insertion . Pendant cette période la chapelle servi comme abri d'un élevage de Lapin.
Actuellement la chapelle sert de salle d'exposition.