La construction de l'église de Mérigny, située dans le centre bourg, remonterait au XIIIème siècle, remplaçant une église paroissiale plus ancienne. Les nombreux ossements trouvés devant l'église prouvent qu'il existait autrefois un cimetière à cet endroit. Les Bénédictins de Saint Savin furent les premiers curés de la paroisse de Mérigny.
Au XIXème siècle, l'église romane, subit d'importants changements architecturaux. Tout d'abord, pour accueillir davantage de paroissiens, l'édifice fut allongé par l'est en construisant un nouveau choeur auquel furent rajoutées les chapelles du prieuré (au sud) et des seigneurs de la Roche Bellusson (au nord) datant toutes les deux du XVIème siècle. Puis de grandes fenêtres à vitraux furent percées dans la nouvelle abside.
En 1923, l'ancien clocher en bois, qui surmontait le choeur et qui menaçait de s'écrouler, fut détruit ; Un nouveau clocher, d'un style différent fut construit dans une tour accolée à la nef. En creusant les fondations, une grande « Vierge à l'enfant » du XVème ou XVIème siècle, fut découverte et placée à l'intérieur de l'église.
Des travaux de réfection de l'intérieur et de l'extérieur de l'église, dont les vitraux et le parvis, ont été effectués entre 1995 et 2000.