Pendant la réforme, il devient un haut lieu du protestantisme de la vallée de la Cèze, toutes les assemblées des Calvinistes s'y tiendront pendant 145 ans. En 1596, Jean De Pelegrin devient possesseur de toute la justice de Goudargues. Le prieuré de la Bastide, dont les fondations et les caves remontent à la création de la Bastide, a été utilisé par l'abbaye de Goudargues comme infirmerie. Au XIXe siècle, c'est le fils du ministre Guizot qui, après avoir épousé la fille du vicomte de Flaux, devient propriétaire et exploite le château et les terres.