Datum založení kostela neznáme, avšak v roce 1350 je již uváděn mezi chrámy farními. První zdejší duchovní, o němž jsou zprávy, se jmenoval Konrád a působil v Třebechovicích do roku 1359. Po husitských válkách, kdy byl nedostatek katolického kléru, byl farní obvod patřící ke kostelu mnohem rozsáhlejší než dnes. Patřily k němu i některé vzdálenější obce např. Očelice, (České) Meziříčí a Králova Lhota.
Dřevěný kostel, obklopený hřbitovem, několikrát podlehl požáru (např. r. 1567), za třicetileté války byl vydrancován nepřátelskými vojsky a roku 1695 požár poničil věž a zvony. Poté byla vystavěna věž nová a ulity nové zvony.
Za faráře France z Rokytnice (1730-1790) byl kostel, který již nedostačoval počtu věřících, zbourán a zbudován nynější zděný kostel barokní. Stavební plány nakreslil a kostel postavil hradecký stavitel František Kerner. (Ponechána byla pouze dřevěná věž, která však shořela při požáru v roce 1855. Po deseti letech byla postavena věž současná, zděná.) Základní kámen nového kostela byl položen 9. září 1767 za přítomnosti stavitele Kernera. Stavba byla dokončena za čtyři roky a k posvěcení kostela došlo 1. září 1771. Slavnostní obřad vedl kanovník František Gelbrich, rektor královéhradeckého kněžského semináře.
Roku 1780 byl chrám vyzdoben freskami Josefa Kramolína SJ. Na hlavním oltáři je obraz sv. Ondřeje, patrona kostela s křížem ve tvaru X. Po stranách obrazu jsou znázorněni apoštolové Petr a Pavel, dále Jan Křtitel a apoštol Filip, patron koželuhů, kterážto profese byla ve městě velmi častá. Řada vážených občanů města či rodáků věnovala kostelu finanční prostředky na zbudování postranních oltářů nebo pro kostel nechala zhotovit liturgické nádoby a roucha. Za všechny zmiňme J. B. Pittera, kněze a historika, jehož připomíná pamětní deska na jižní straně kostela.
Mezi významné duchovní působící při kostele sv. Ondřeje patřil kaplan Antonín Flesar (nastoupil r. 1858), proslulý později jako archivář. Za něj byla postavena již zmíněná nynější věž a došlo k úpravám a opravám interiéru kostela (např. restaurování fresek a hlavního oltáře). Z prostředků získaných ve veřejné sbírce byla pořízena kazatelna, řezbářsky vyzdobená akademickým sochařem Josefem Hudcem z Třebechovic.
V kostele se nachází kromě hlavního oltáře ještě pět oltářů bočních. Pouze dva z nich jsou původní barokní, a sice oltář sv. Rodiny a oltář sv. Antonína Paduánského. Ostatní oltáře byly pořízeny v době renovace kostela v letech 1931 až 1933. Tehdy byla provedena rozsáhlá obnova interiéru. Byly opět restaurovány Kramolínovy fresky, provedena výmalba stěn, pořízena nová dlažba, zavedena elektřina, nainstalovány nové boční oltáře... Část staršího vnitřního zařízení byla přesunuta do filiálního kostela sv. Petra a Pavla v Jeníkovicích. Pořízena byla rovněž nová křížová cesta s tepanými lampami a byly restaurovány pískovcové prvky interiéru. Znovuvysvěcení kostela vykonané biskupem Mořicem Píchou 24. 9. 1933 připomíná mramorová destička v presbytáři. Varhany na kůru pocházejí z doby 2. světové války, což se odrazilo na jejich kvalitě. Byly zhotoveny z válečných materiálů, a proto vyžadují dost často značné opravy.
Převážně vnějšku chrámu se týkala obnova v letech 1968-1971. Rozsáhlé opravy a úpravy presbytáře dle nových liturgických požadavků, položení mramorové dlažby, nová elektroinstalace, současná výmalba a mnoho dalších nezbytných úprav mohlo být provedeno díky velkorysé a obětavé pomoci farníků v roce 1983.
Další kostely z této série:
GC7QQZ7 - Kostel sv. Máří Magdalény - Ledce
GC7Y1WM - Kostel Nanebevzetí Panny Marie - Krňovice
GC7Z73M - Kostel sv. Jakuba staršího - Vysoký Újezd
GC7ZZJ7 - Kostel sv. Petra a Pavla - Jeníkovice
GC805WC - Kostel Božího Těla - Třebechovice p. O.