L'histoire de Villeneuve de la Raho commence durant l'antiquité, exactement durant l'époque romaine. Alors que la Via Domitia passait à proximité, c'est pas moins de trois villas romaines qui étaient en activité sur le territoire actuel de la commune. Rappelons qu'une villa romaine, c'était avant tout un important domaine foncier à vocation agricole dont le responsable était la plupart du temps un vétéran de la légion romaine.
La première de ces villas était situé au "puig Berges", sur les propriétés du mas Sauvy. Il s'agissait de la plus grande du coin. Le site fut découvert en 1836 mais subit d'importantes dégradations suite à des travaux de grandes ampleurs du propriétaire des terres, Mr Sauvy. Ces travaux avaient pour but de rendre arable une terre stérile afin de cultiver de la vigne. A l'occasion de ses travaux, il fit apparaître du mobilier romain, des monnaies médiévales de Melgueil associées à des squelettes et des vestiges de construction. Malheureusement tout ce matériel archéologique fut dispersé et détruit durant le XIXe siècle, une époque où l'on se souciait peu de l'intérêt historique. Des travaux archéologiques furent entrepris en 1991 et permirent la mise à jour d'un site comprenant 3 silos de 3,40 à 4.90m de diamètre. Il semble qu'ils datent de 50 après JC, puis que le site fut successivement démoli et reconstruit jusqu'en 120. Il s'agissait d'une grosse construction romaine, une importante villa.
La deuxième villa romaine était près du mas "Val Marie", elle date du 1er siècle. Le site a été trouvé grâce à un travail profond de la terre. Il s'agissait d'un établissement romain modeste.
Enfin la troisième villa romaine se trouvait au lieu-dit "les olivèdes", sur l'emplacement du camping municipal. Ce site comprenait des lampes à huile et des monnaies. Au début du siècle on pouvait encore voir quelques murs d'époque mais les vestiges ont disparus au fils des années suite à l'aménagement du lieu.
Après la chute de l'Empire romain et l'invasion wisigothique, puis sarrasine du Roussillon, l'histoire ne nous a pas laissé de traces du passage de ces peuples. Il faut attendre le IXe siècle et la reconquête de Charlemagne en 811 pour trouver une trace d'activité humaine à Villeneuve.
Au IXe siècle, Villeneuve n'était qu'un ensemble de maisons regroupés autour d'un petit édifice religieux. Très peu de renseignements nous sont parvenus de cette époque, et il faut avouer que l'on sait bien peu d'éléments des premiers temps du village. En 1196 il est fait mention d'une fortification sur la butte, il devait s'agir d'une tour ou d'une petite bastide. (Elle fut rasée par le roi de France Philippe III en 1285) En 1271 Villeneuve possédait une léproserie en ruine. Il s'agissait d'une construction faite au retour des croisades.
En 1279, puis en 1313, des documents citent loco vocato villa veteri (ville vieille), probablement en rapport avec le fait qu'un y ait eu une "ville neuve". Etait-ce une ancienne ville carolingienne, tombé en ruine avant le XIIIe siècle, ou s'agissait-il d'un lieu d'habitat pré-carolingien (villa romaine ou wisigothique) ? Ce village initial était en contrebas de la butte, au sud-est autour de l'ancienne église romane St julien et St Basilice construite avant 1149 (l'expressions ad terminale Santi juliani de Vilanova" apparaît dans un acte de donation des comtes du Roussillon aux templiers)
Divers propriétaires apparaissent sur ce territoire qui était sous la direction du chapitre d'Elne. Ainsi on voit l'abbaye d'Arles, au XIe siècle, ou Grimau d'Ortaffa, 1171, propriétaire foncier à Villeneuve. L'extension des templiers en Roussillon à partir du Mas Deu leur permit rapidement de prendre le contrôle d'un grand nombre de terrains dans la plaine. C'est donc tout naturellement que cet ordre religieux fut au XIIIe siècle l'un des grands propriétaires de Villeneuve. En 1286 on trouve une autre trace du village, les vicomtes de Canet vendant des biens de Villeneuve à l'abbaye de Fontfroide. La première mention du moulin à eau date du XIIe siècle. Puis entre 1308 et 1310, il fut creusé un canal d'alimentation en eau allant de Thuir à Perpignan et passant par Villeneuve. En 1340 les droits féodaux sur le village furent l'objet d'un litige entre l'abbaye cistercienne de Fontfroide et les vicomtes de Canet. Un procès les départagea et ils furent attribués à l'abbaye.
Le recensement de 1358 fit apparaître que Villeneuve contenait 32 feux, soit 200 personnes à peu près.
Le château de Villeneuve fut reconstruit par les moines à partir du XIVe siècle, c'est de cette époque que date son transfert sur la butte. Malheureusement ce château disparaîtra en 1850 pour construire le nouveau cimetière.
Un important tournant dans l'histoire de Villeneuve eu lieu en 1419. Les moines de Fontfroide vendirent le village à Marti Jaubert, et pour une somme modeste qui plus est. Le village se déplaça alors définitivement au sommet de la butte, sous la protection du nouveau château. De l'ancien village il ne reste que quelques vestiges, en particulier les fondations d'une tour. La population de Villeneuve décrut rapidement. A la fin du XVe siècle le village comptait 8 feux. C'est de cette époque que date la construction de la nouvelle église consacrée elle aussi à St julien et St Basilice. Remaniée au XVIIe, elle contient un retable du maître autel de 1690, un christ du XVIIIe et deux intéressants bustes reliquaires.
En 1577 la seigneurie de Villeneuve fut acquise par Louis de Llupia, issu de la puissante famille de Llupia, puis passa en 1633 à Ca Rirera (par alliance matrimoniale), puis par une autre mariage entre Manuela de Ca Cirera et Miquel de Pinos, elle échut à la famille barcelonaise de Pinos.
En 1732 Villanova de Rao était revenu à 25 feux (150 personnes), puis en 1799 il comptait 76 personnes. En 1822, il en était à 34 feux, en 1906 à 694 habitants et en 1946 à 517 habitants.
Au XVIIIe siècle, Villeneuve est assez pauvre : peu d'artisans, il s'agissait essentiellement d'une population de paysans. Un texte de 1780 indique que Villeneuve est un très petit village situé au bord de l'étang qui porte son nom dont la production consiste en une maigre récolte de blé et prairie." En 1808 le cadastre napoléonien indique que les meilleures terres sont occupées de céréales, la vigne étant très minoritaire. Il y avait également pas mal d'élevage.
Durant le XIXe siècle, les paysans se tournèrent vers des cultures plus rentables : vignes, olives, élevage. Ca leur a permis d'élever leurs revenus et de voir apparaître les premiers grands propriétaires, issu de la noblesse perpignanaise ou gavaxes. Ceux-ci possédaient la quasi-totalité des bonnes terres, ils créèrent quelques grands mas de la plaine. (mas Fusta, mas Cahors) En 1830 fut l'année d'apparition des grandes exploitations viticoles : le mas Tardieu (actuel "cap de Fouste"), le mas Sauvy. Plus tard, le mas de la Cave (qui est aujourd'hui au fond du lac), le mas de l'Etang, le Val Marie (appartenant à Sauvy), le mas Richemont et le mas Romeu. Il fallut attendre vers 1890 pour que toutes ces grandes exploitations s'ouvrent aux petits producteurs.