L'installation des Augustins dans le couvent actuel est postérieure à la Guerre de Cent Ans.
Ils sont à l'origine établis à l'extérieur des remparts de la ville mais les bandes de brigands en maraude dans le pays menaçaient les biens de la communauté. Malgré l'offre d'habitants de les loger dans une maison plus proche de la bastide, ils écrivirent au pape Innocent VI qui, dans une bulle du 5 août 1353, les autorise à s'installer à l'intérieur de Marciac, y acheter une maison et y bâtir une chapelle et tous les aménagements qui leur seront nécessaires (y compris un clocher et un cimetière), mais sous certaines conditions, notamment le respect des droits de l'église paroissiale. Le cloître et le clocher octogonal du couvent dateraient du 15e siècle. En 1579, la prise de la ville par les calvinistes provoqua des dégradations du couvent et de son cloître.
Vendu à un particulier en 1791, le couvent fut transformé en pensionnat de jeunes filles en 1834.
Un corps de bâtiment est construit à l'est en replacement de l'aile du cloître et la nef de l'église est cloisonnée en plusieurs pièces faisant office de salles de classe. La façade occidentale du couvent fut très mutilée au 19e siècle et la seule galerie subsistante de son cloître aurait été achetée par un antiquaire parisien et démontée en novembre 1906.
Ce qui reste du couvent servit à partir de cette époque de théâtre municipal, d'école à partir du milieu des années 1930. L'ancienne église conventuelle abrite une salle de cinéma.