Llupia, comme la quasi-totalité des villages de la plaine, n'a pas conservé sur son territoire de traces de l'activité préhistorique, le sol acide n'ayant pas permis la bonne tenue des restes de cette lointaine époque. Par la suite ni les ibéro-ligures, peuples mixtes ayant conquis le territoire durant le dernier millénaire, ni les romains, ni les wisigoths n'ont laissé de vestiges à Llupia. Cet état de fait n'est pas rare, le peuplement de la région ayant été très lent.
En fait le village apparaît pour la première fois en 1019, soit relativement tôt durant l'ère carolingienne. Le lieu est cité d'après son église comme c'était toujours le cas à cette époque. Il s'agissait de l'église romane St Thomas. Autour de l'église s'est formé un hameau de maisons dont les habitants recherchaient la protection d'un bâtiment suffisamment solide pour les protéger. Cette église, à la fois lieu de culte et de protection, fut remplacé dans ce dernier rôle par un château, plus efficace. Ce château existait en 1195, il dépendait comme la plupart des châteaux des Aspres et du Vallespir de la vicomté de Castelnou. De nos jours il reste des vestiges de ce château au village.
Durant le Moyen-Age, les seigneurs de Llupia jouèrent un rôle important dans la noblesse roussillonnaise. Un signe de ce rôle important se trouve dans le fait qu'ils furent les second propriétaires de la Casa Xanxo, à Perpignan.