Le territoire de Canohès, comme la quasi-totalité de la plaine, n'a pas permis la conservation de restes préhistoriques, le sol trop acide ayant détruit peu à peu les traces de nos lointains ancêtres. Par la suite, ni les ibéro-ligures, ni les celtes n'imprimèrent leurs traces sur ce petit bout de plaine, mais cet état de fait n'était pas rare puisque de tels vestiges sont extrêmement rares en Roussillon.
A partir de -121 les romains colonisent militairement la région. Mieux organisés, ils vont structurer les terres en domaines et bâtir les édifices dont ils avaient besoin. A Canohès, la présence d'un four à tuiles nous prouve qu'ils y ont séjourné. Par la suite l'histoire se tait, comme un peu partout dans la région. La chute de l'empire romain à vu l'arrivée des wisigoths (408) puis des sarrasins (735) mais il faudra attendre le haut Moyen-Age et la conquête par Charlemagne (811) pour que débute l'histoire du village.
La première trace écrite du village date de 843 sous la forme Kanoes. Au Xe siècle Canohès était la propriété des comtes d'Empories. Puis durant le XIIe siècle les templiers du Mas Deu récupérèrent grâce à de nombreux dons un grand domaine foncier, y compris quelques terres sises à Canohès. Ces acquisitions commencèrent dès 1146. A partir de 1155 les moines achetèrent même des hommes propis.
A la fin du XIIe siècle l'église et son village furent donné à l'abbaye de La Grasse, riche abbaye située dans l'Aude et qui possédait énormément de hameaux en Roussillon. Dédiée à St Cyr, elle est à nef unique, du plus pur style roman en ce qui concerne l'édifice initial. Elle a subit des transformations en 1876, puis 1878 avec l'adjonction des collatéraux (Nord, puis Sud). Ces travaux ont provoqué l'effondrement de la voûte du XIIe siècle. L'abside est en arc outrepassé. Son mobilier est intéressant, elle contient une statue de St Gaudérique du XVIIe, de St Cyr et de Ste Julitte (XVIe), deux Christ du XVIIIe, une Vierge du XIVe, plus une toile peinte du XVIIe. Elle a par ailleurs une pierre funéraire du XVIe siècle, sur la façade. Cette église est toujours existante de nos jours, elle est au centre du village.
La ville a été fortifié, probablement durant le XIVe siècle. Les murailles seront régulièrement entretenues et modifiées. Au XVIe, puis au XVIIe siècle, une nouvelle porte a été construite. Cette porte existe toujours.