Comme la plupart des terrains de la plaine, Nyls n'a pas conservé de vestiges de l'époque préhistorique, que ce soit d'une période éloignée (paléolithique) ou récente (néolithique). Ni les ibéro-ligures, ni les celtes (-500), ni même les romains (-121) n'ont laissé de traces sur le territoire de Nyls. En soit ce n'est pas étonnant, de tels vestiges sont rares, mais ils apparaissent parfois au grès des fouilles menées ça et là. Il en est de même pour la période wisigothique (412) et sarrasine (739)

Nyls aujourd'hui

En fait Nyls apparaît la première fois durant la fin du XIe siècle ou le début du XIIe, soit près de deux siècles après la conquête du Roussillon par Charlemagne et le début de la féodalité. C'est son église qui marque le lieu comme souvent. Celle-ci, dédiée à Ste Marie, est toujours visible au centre du hameau, quoi que sérieusement abîmée. Il ne reste plus qu'un mur gouttereau complet et des traces du deuxième, l'abside est ouverte en deux. Les murs restants nous montrent un travail assez bien fait. Les moellons sont placés horizontalement, renforcés aux angles et aux fenêtres par des pierres bien taillées. Initialement la construction était à nef unique voûtée d'une toiture en berceau sur arcs doubleaux et latéraux. Son abside est semi-circulaire, un schéma somme toute classique des églises romanes du Roussillon.

Cette église servira jusqu'au XVIIe siècle, époque où elle sera remplacée par une autre église plus moderne. Entre temps, au cous du XIVe siècle, le hameau sera en grande partie une possession des templiers du Mas Deu, la commanderie centrale du Roussillon. Le Mas Deu se trouvant à peu de distance de Nyls, il était normal que le hameau soit récupéré par ces moines ayant eu une très grande puissance durant tout le siècle.