La commune de Saint-Péravy-la-Colombe se trouve dans le quadrant nord-ouest du département du Loiret, dans la région agricole de la Beauce de Patay et l'aire urbaine d'Orléans. À vol d'oiseau, elle se situe à 18,8 km d'Orléans, préfecture du département, et à 5,3 km de Patay, ancien chef-lieu du canton dont dépendait la commune avant mars 2015. La commune fait partie du bassin de vie de Patay.
Une partie du territoire de la commune héberge la base aérienne 123 Orléans-Bricy