Les espèces capturées sont la sole, la roussette, le grondin, le chinchard, le maquereau, le cabillaud, le turbot, l’anguille, la barbue ou tacaud, la plie, la limande, le merlan, la seiche.
Les pêcheurs de Honfleur ont deux spécialités : la crevette grise qui est vendue vivante au débarquement et d’octobre à avril la coquille Saint-Jacques.
L'avant-port donne accès aux trois bassins de Honfleur :
- le Vieux Bassin (ou Bassin de l’Ouest) en plein coeur de la ville est un port de plaisance qui attire de nombreux yachts et voiliers en saison. En bordure du bassin, les hautes maisons étroites essentées d’ardoises datant des XVIIè et XVIIIè siècles offrent, en effet, un décor exceptionnel aux visiteurs en escale dans la petite cité maritime.,
- le Bassin de l’Est (ou Bassin de la République) construit en 1840 est un port maritime et fluvial qui accueille notamment des paquebots de croisière qui naviguent sur la Seine,
- le Bassin Carnot, de dimension plus importante construit plus tardivement en 1862 est un port de commerce accueillant des bateaux de commerce et des porte-conteneurs.
Le port de Honfleur est le 3ème port à bois français avec environ 200 000 tonnes de bois importé essentiellement de la côte occidentale d’Afrique pour ce qui est du bois en grumes et du Nord (Scandinavie notamment) pour le bois scié.