Kościół powstał w latach 1882-1883. Architektura samej budowli zarówno jak i wnętrze kościoła reprezentują styl neogotycki. Podczas wojny kościół nie ucierpiał prawie wcale, dzięki czemu wymagał jedynie drobnych remontów i renowacji, które przeprowadzano już w okresie powojennym. W latach 70. dokonano generalnego remontu wieży kościelnej i wnętrz. W następnej dekadzie dobudowano na terenie przykościelnym dom katechetyczny. Kościół św. Brunona pozostając siedzibą katolicką parafii w Bartoszycach był także na początku potajemnie a w później czasie za zgodą biskupa użytkowany przez liczną w tym regionie społeczność grekokatolicką Az do roku, 1998 kiedy to powstała w Bartoszycach Cerkiew greckokatolicka św. Andrzeja Apostoła. W tym samym roku pod okiem konserwatora zabytków przeprowadzono ostatni gruntowny remont świątyni W 2002 r. Kościół św. Brunona doczekał się erygacji, której dokonał arcybiskup archidiecezji warmińskiej Edmund Piszcz nadając kościołowi status archidiecezjalnego Sanktuarium św. Brunona Bonifacego z Kwerfurtu Biskupa i Męczennika. Św. Brunon z Kwerfurtu – (ur. ok. 974r., zm. 1009r.) – mnich benedyktyński, kapelan cesarski, arcybiskup misyjny, męczennik i święty Kościoła katolickiego. Urodzony w arystokratycznej rodzinie saskiego grafa w Kwerfurcie. Kształcił się w szkole katedralnej w Magdeburgu. W 995 mianowany kanonikiem, następnie na dworze cesarza Ottona III pełnił funkcję kapelana i pozostawał w zażyłej przyjaźni z cesarzem. W 998 w Rzymie porzucił dworską karierę i prawdopodobnie wstąpił do zakonu benedyktynów w klasztorze na Awentynie. Zapewne wówczas otrzymał imię zakonne Bonifacy. W 1001 zamieszkał w pustelni św. Romualda w Pereum koło Rawenny w Italii. Po uzyskaniu pozwolenia na działalność misyjną udał się z grupa misjonarzy z Pereum do Polski, gdzie prowadzili ewangelizację wśród Słowian nadodrzańskich.