La reconstruction de l'église avait été précédée par le déplacement du cimetière. En effet, en 1832 le préfet de Côte d'Or exigea, pour des raisons de salubrité publique, le transfert des cimetières hors des villes et des villages. Ainsi, en 1835, la commune de Perrigny se dota d'un nouveau cimetière et lorsqu'il fut terminé on décida selon la coutume d'ériger une croix monumentale en son centre. Or, il existait au croisement de la route de Pontailler et du chemin de la Chanoie une croix de pierre dit "croix du berger", croix à pans coupés qui ressemblait à la croix blanche. M. Rouhey, propriétaire du terrain sur lequel se dressait la croix en fit don à la commune, et la croix fut déplacée dans le nouveau cimetière.
Cette croix connut plusieurs incidents. Tout d'abord, lors de l'aménagement du cimetière, le sol n'avait pas été suffisamment nivelé et par endroit il n'était pas assez profond, ce qui causait des problèmes de stagnation d'eau et d'émanation. La commune décida en 1839 de rajouter la terre manquante ( le cimetière fut surélevé d'1.65m ) et il fallut exhausser la croix. Puis en novembre 1868, la croix fut renversée et brisée par une tempête. Elle fut remplacée en 1871 par une croix de fer forgée portant un christ, croix fixée sur un socle carré surmonté d'une corniche portant l'inscription " o crux ave spesunica".