Au début de la guerre de 1870, le Général Clinchant commande une brigade du 3e corps de l'armée du Rhin. Il prend part aux combats de Metz et, tandis que Bazaine capitule, parvient à s'échapper. Il se met alors à la disposition du gouvernement de la défense nationale. Dans le cadre de la levée de l'Armée de l'Est, le Général Bourbaki lui confie le commandement du 20e corps d'armée, avec rang de général de division. Il prend part à la bataille de Villersexel (9-10 janvier 1871) et à la sanglante bataille d'Héricourt (15-17 janvier 1871).
L'armée de Bourbaki ayant échoué à reprendre Belfort, elle se replie, épuisée et démoralisée, vers la frontière suisse, poursuivie désormais par un ennemi bien supérieur en nombre et en matériel. Parvenus à la frontière suisse, Bourbaki abandonne la suite des opérations à Clinchant et tente de se suicider. Clinchant négocie avec le Général Herzog l'asile pour ses soldats en Suisse : son armée doit déposer les armes au passage de la frontière (1er février 1871).
De retour à Versailles en avril, Clinchant reçoit le commandement du 5e corps d'armée chargé de réprimer la Commune de Paris.
Il est nommé gouverneur militaire de Paris en 1880, poste qu'il conserve jusqu'à sa mort en 1881. Il est inhumé au cimetière du Père-Lachaise (49e division).
