C’est en 1663 que débutera la construction d’une nouvelle église dans le centre du village, actuelle place St-Jean (lieu choisi selon la volonté des bellegardais et surtout grâce au duc d’Uzès qui offrira outre l’emplacement, les pierres des remparts de son château en guise de matériaux). L’église sera fin prête en novembre 1666. La période anti-religieuse qui succèdera à la Révolution touchera aussi la région et Bellegarde à partir de 1792. Le presbytère devient alors la première mairie ; l’église est fermée au culte, puis transformée en « Temple de la Raison » et salle de réunion ; son mobilier est revendu ou fondu. Seule la cloche sera conservée pour servir d’alerte en cas d’incendie. Fin 1794, le lieu est consacré au culte de l’Etre suprême. Si en février 1795 la liberté des cultes est rétablie par la Convention, si un curé revient s’installer à Bellegarde en 1797, ce n’est qu’en août 1800 que l’église lui est officiellement rendue pour officier le culte.
Un plan de 1811 permet d’imaginer la place st Jean. Au centre l’église orientée Est Ouest avec son entrée à l’est, au sud (juste au départ des escaliers actuels) le four banal pour le pain, au nord (les autres escaliers) le presbytère, la maison commune et l’école. Au bord de la place (à son entrée actuelle) un puits pour l’approvisionnement, de plus en plus insuffisant, en eau potable. La réalisation des premières fontaines suivra peu de temps après.
1853 l’église est trop petite ! Une règle stipule que la maison de dieu d’une communauté puisse abriter les 2/3 de sa population et ce n’est plus le cas (l’église totalise en effet 800 places pour 2400 habitants).
A la même période, on réfléchit à la construction d’une nouvelle mairie (l’actuelle) et d’une école (devenue aujourd’hui l’actuelle école de musique). Les coûts de ces deux projets étant déjà non négligeables, les élus sont peu enclins à ajouter les frais de construction d’une nouvelle église. Outre le problème du financement il fallait aussi surmonter celui du choix de l’emplacement de la nouvelle église et là le débat fait rage. D’un coté les « purs » tiennent à reconstruire l’église là où elle était, place St-Jean. Les plus novateurs souhaitent la déplacer à l’instar de la mairie avec pour les uns le choix de la place Carnot (à l’actuel tabac chiffe) et d’autres (par économie – le terrain étant déjà communal) face à la mairie (son lieu actuel).
Finalement après 7 années de débat, la nouvelle église naîtra, notamment financée en partie par les deniers du culte. Elle sera installée face à la mairie. Les plans seront dessinés par l’architecte Laval. La première pierre sera posée le 23 octobre 1860 par l’Evêque de Nîmes. L’entrepreneur Louis Bastid se chargera du reste. Les verrières seront réalisées par les ateliers Martin d’Avignon. La réception des travaux qui ont coûté 146.397,50 francs a lieu le 17 mai 1864. L’ancienne église de la place St-Jean sera détruite pour sa part en 1872. A l’occasion de la consécration de l’autel, la statue d’une Vierge baptisée « Notre Dame de Bellegarde » devait être installée sur la place face à la mairie et ainsi accueillir les fidèles qui se rendaient à l’église. Finalement en 1875, la statue ornera le sommet de la tour médiévale qui dès lors prendra le nom de Madone.