Die Thayatalbahn ist eine stillgelegte und bereits teilabgerissene Bahnstrecke in Niederösterreich. Sie ist eingleisig, normalspurig und nicht elektrifiziert. Sie zweigt am Bahnhof Schwarzenau von der Franz-Josefs-Bahn in Richtung Norden ab und führt über Waidhofen an der Thaya bis nach Zlabings. Sie ist die einzige internationale und grenzüberschreitende Bahnstrecke, welche vom Land Niederösterreich übernommen wurde. Insgesamt wurden über 630 Bahnkilometer durch das Land von der ÖBB übernommen
Ebenfalls bei Schwarzenau zweigt die Zwettler Bahn von der Franz-Josefs-Bahn in Richtung Süden ab.
Merkengersch liegt bei kilometer 21,1 und wurde am 10 Jänner 1977 eingestellt .
Als 1959 der zweigleisige Betrieb auf der Franz-Josefs-Bahn aufgelassen wurde, wurde die Strecke in den Bahnhof Schwarzenau verlängert. Bis dahin begann sie bei der Abzweigung Willings in km 0,0 und benutzte bis dort das rechte Streckengleis der Franz-Josefs-Bahn mit. Ab dann diente dieses ehemalige Streckengleis ausschließlich der Thayatalbahn. Am 29. Mai 1976 endete der Dampflokbetrieb. Am 10. Jänner 1977 wurde der Streckenabschnitt Gilgenberg–Fratres eingestellt. Am 1. September 1986 wurde der Personenverkehr zwischen Waidhofen an der Thaya und Gilgenberg wegen Unrentabilität eingestellt und durch eine Autobuslinie ersetzt.[