Meri on aina ollut tärkeä kulkuväylä Naantalille. Viikingit kulkivat näillä vesillä jo 1100-luvulla ja kaupankäynnin vilkastuessa liikenne merelle kasvoi. 1500-luvulla naantalilaiset kävivät ulkomaankauppaa ainakin Tallinnan, Danzigin, Lyypekin ja Köningsbergin kanssa. Lisäksi kauppayhteyksiä oli Tukholmaan ja Pohjanmaalle.
Naantalin satama, nykyinen pienvenesatama, tunnettiin 1700-luvulla hyvänä, jopa Turun satamaa parempana satamapaikkana. Säännöllinen laivayhteys oli 1800-luvun alussa maamme rantakaupunkeihin, jopa Viipuriin ja Vaasaan asti.
Kukoistuskauttaan laivaliikenne eli ennen ensimmäistä maailmansotaa, jolloin Naantalin kautta kulki vilkkaimmillaan 33 höyrylaivaa päivässä. Julkinen liikenne toimi laivojen varassa 1920-luvun loppupuolelle asti, sen jälkeen linja-auto ja junaliikenne syrjäyttivät tehokkuudellaan laivaliikenteen.