Osa Linnunsuon turvetuotantoalueen kuivatusvesistä on johdettu Jukajokeen. Toiminta on kuitenkin lopetettu, sillä osa valumavesistä on ollut niin happamia, että ne ovat aiheuttaneet joessa laajoja kalakuolemia.
Muutaman vuoden takaisen Jukajoella suoritetun kalastuskyselyn mukaan joen yleisimmin kalastettavia lajeja ovat lahna, ahven, hauki, säyne ja särki. Joen kalastoon kuuluvat myös kuha, made, salakka ja taimen. Joen vuosittaiseksi kalastajamääräksi on arvioitu 20–30 kalastajaa.
Jukajoen koskimaiset virtapaikat soveltunevat osittain taimenen poikastuotantoon. Näiden mahdollinen poikastuotantokyky ilman koski- ja valuma-aluekunnostuksia lienee kuitenkin hyvin rajallinen.
Jukajoki on arvioitu Pohjois-Karjalan vesienhoidon toimenpideohjelmassa (Mononen ym. 2011) sekä veden fysikaalis-kemiallisten tekijöiden että joen ekologisen tila-arvion perusteella kuuluvaksi luokkaan tyydyttävä.
