Située dans la canton de la Réole, à quelques kilomètres au nord de la Garonne, la commune de Saint-Exupéry est l’une des plus anciennes paroisses de la région, avec son église édifiée au Ve siècle.
D’après la tradition, saint Exupère nait sur le territoire à la fin du IVe siècle, à l’époque de l’invasion des Vandales et des Goths. Succédant à saint Sylvinius, il devient le cinquième évêque de Toulouse, où il fait achever la construction de la basilique Saint-Sernin. Il meurt vers 410.
La première édification de l’église de sa paroisse natale, dont il est le saint patron, date de cette époque.
Au XVe siècle, une maison noble est signalée, aujourd’hui connue sous le nom de château Duclas qui est en fait une demeure fortifiée.
Après la Révolution, Saint-Exupère est érigé en commune, sous le nom de Saint-Exupéry.