Site préhistorique, occupé à l'époque gallo-romaine. Ancienne bastide faisant partie du Brulhois, elle reçut une charte de coutumes en 1278. Le territoire, qui dépendait du diocèse de Condom, était partagé entre plusieurs seigneuries. Le village s'est formé autour de l'église paroissiale, entourée de fortifications et défendue au sud-est par un château, mentionné en 1275. Montagnac est érigé en baronnie en 1442.
En 1580, la ville est prise par Biron : l'église a souffert des guerres de religion. Une partie des demeures date du xvie et du début du xviie siècle et les fortifications sont réparées à plusieurs reprises au cours du xviie siècle. Lors de la Fronde, nombre de maisons sont détruites. Le clocher de l'église, situé au centre du village, était un point d’observation. Sa flèche de 18 mètres de haut a été détruite par la foudre en 1782.
Une période de prospérité commence au xviiie siècle, si bien qu'au début du xixe siècle, la reconstruction ou la modernisation d'une grande partie des demeures du village a lieu. La reconstruction de l’église date du xviie siècle, celle de sa porte occidentale au xviiie siècle. En 1805, la porte d'Agen qui menaçait ruine est détruite.
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