Sportovní kroužek kopané vznikl v roce 1938 a nesl název PAL Jihlava. Pozdějším sloučením dalších dobrovolných sportovních organizací byla založena Tělovýchovná jednota Spartak Jihlava. Pod tímto názvem hrál až do roku 1994, kdy vzniklo občanské sdružení. Po sloučení dvou jihlavských celků se zrodil Spartak PSJ Motorpal Jihlava. Po dalších změnách názvu týmu, nesoucí mimo jiné i jméno hlavního sponzora, se ustálil název na FC Vysočina Jihlava od roku 2000.
Jedním z hlavních akcionářů týmu je statutární město Jihlava a další významné místní firmy.
Fotbalový tým začínal působní v nižších soutěžích a postupně se po letech propracovával z přeborů až do divize. Další postup směrem vzhůru se odehrával na začátku 90. let, kdy účinkovali v třetí nejvyšší soutěži v republice – MSFL . Po deseti letech v této soutěži postoupili ze druhé příčky v této lize, po odstoupení vítězné NH Ostrava, do druhé ligy.
Působení v druhé lize bylo již od počátečních sezón úspěšné a tým se vždy pohyboval v horní polovině tabulky. Toto vyvrcholilo v sezóně 2004/05, kdy jako první celek z Vysočiny postoupil do nejvyšší soutěže. V tomto období došlo k rekonstrukci fotbalového stadionu v Jiráskově ulici do dnešní podoby spolu s plány na jeho další rozšíření. Historicky první prvoligovou sezónu outsider soutěže pod vedením trenéra Karla Večeři zvládl důstojně. Po diskutabilním závěru soutěže v posledním kole tým sestoupil zpět do druhé ligy.
Návrat do první ligy znamenal pro klub běh na dlouhou trasu. Znamenalo to ekonomickou a sportovní stabilizaci týmu a také možnost vybudování kvalitního zázemí. Během této doby zaznamenal výkonnostní vzestup i mládežnický tým. Výchova dorostu je v jihlavském týmu na vysoké úrovni. Dokazuje to i řada kvalitních odchovanců, kteří se nacházejí v současnosti ve špičkových domácích či zahraničních týmech a patří do reprezentačního týmu.
Mezi odchovance z Jihlavy patří: současný obránce Werderu Brémy Theodor Gebre Selassie; útočník Hellasu Verona Michael Rabušic; útočník Viktorie Plzeň Stanislav Tecl; útočník Matěj Vydra hostující v týmu Watford FC.
Mezi opory současného týmu náleží brankářská legenda Jaromír Blažek; záložníci Václav Koloušek, Lukáš Vaculík nebo slibný talent českého fotbalu Lukáš Masopust; v útoku bosenský Haris Harba; aj.
Největším úspěchem klubu se stalo semifinále domácího poháru v sezóně 2003/04, kdy se tým probojoval mezi čtyři nejlepší celky ČR, ale nestačil však na mistrovský Baník Ostrava.
Ke keši:
Keš samotná je uložena se souhlasem vedení týmu, chovejte se prosím k ní tak, abychom jejich důvěru neztratili. Schránka je umístěna na veřejně přístupném místě, proto nikdy nevstupujte na travnaté plochy ani na tribuny. Prosím nelogujte se v době zápasu a společenských akcí, jelikož v této době je zde maximální počet mudlů. K umístění keše se dostanete otevřenými brankami z ulic Jiráskova nebo Evžena Rošického po celý den. Ve schránce není tužka - BYOP