Dawny pałacyk z ogrodem, projektu spółki "Die Saalecker Werkstaetten" z Turyngii, powstały w 1910 r. dla Gustawa Weese, właściciela toruńskiej fabryki pierników. Instytut Geografii UMK w Toruniu otrzymał ten budynek do użytkowania w 1973 r. Funkcjonowały w nim, aż do 2006 r., zakłady Geografii Ekonomicznej oraz Meteorologii i Klimatologii, a także Pracownia Dydaktyki.
Wydział Nauk o Ziemi UMK w Toruniu powstał z dniem 1 września 2012 roku w wyniku podziału Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi na dwa odrębne Wydziały: Biologii i Ochrony Środowiska oraz Nauk o Ziemi. Potencjał siedemnastego w strukturze uniwersytetu wydziału stanowi kadra i dorobek naukowy dotychczasowego Instytutu Geografii, którego początek działalności datuję się na dzień 1.10.1945 roku.