Le relèvement des ruines de cet édifice à la fin du 15ème siècle est suivi en 1516 d'une dédicace à notre dame qui le fait devenir église de Morcourt. Cette même église serait auparavant dédié à Saint-Etienne et constituait de avec les habitations qui la voisinaient la paroisse de Bourgon. Le village de Bourgon, peut-être d'origine gauloise disparaît vers 1375 dans une chevauchée de la Guerre de Cent ans.
Une nef simple et un chevet carré formaient la base romane de cette construction. Au 13ème siècle on l'agrandit par des chapelles latérales dont l'une soutient le clocher, alors de faible hauteur.
Après les conflits des 14ème et 15ème siècles, la remise en état est complétée par la contruction de l'abside polygonale de style ogival tardif, puis par le doublement de hauteur du clocher au début du 16ème siècle. Celui montre donc des baies romanes sur sa moitié inférieure, tandis que la partie supérieure reprend des ouvertures également arrondies mais fortement moulurées et de proportions très différentes.
Le village ne s'étant pas reconstruit au voisinage de l'église, on a rebâtit cette dernière sans aucune fortification de protection, à la différence de celles de Feigneux ou de Bémont dont les clochers sont à la même époque, aménagés en de solides refuges.
Aux siècles suivants, les désacords entre les habitants de Morcourt et les moines de L'abbaye de Lieu-Restauré sur l'entretien de l'édifice rendront son état précaire. Il sy ajoute quelquefois, bien avant la Révolution qui se passera sans dommage, un vandalisme antireligieux. L'abandon n'est pas encore total avec la suppression en 1825 de la commune de Morcourt qui devient hameau de Feigneux : bien que très dégradéela construction conserve une fonction d'oratoire en raison deu cimétière toujours utilisé par les habitants de Morcourt. Quleques restaurations sont mêmes entreprises dans les premières années du 20éme siècle, mais l'ensemble est, peu après, vendu au prix de la pierre.
En 1913 alors que les morts du village rejoignent le nouveau cimetière de Feigneux l'entretien cesse totalement. Les ruines sont laissées aux intempéries et bientôt aux pillards qui n'hésitent pas à compromettre l'équilibre de l'édifice en arrachant des colonnes et chapiteaux.