L’orthographe ancienne Seyssiacus, Sessiaeum, Sessier puis Sessie et enfin Cessy se retrouve à travers les âges.
La présence gallo-romaine se poursuivit pendant une période relativement longue.Ainsi la découverte récente d’un bâtiment datant du dernier quart du IIIe siècle et première moitié du IVe témoigne de la présence d’un habitat dispersé, lié à l’activité agricole et artisanale (objets métalliques, outillages et appareillages en rapport à la métallurgie).
En 1091, l’Evêque Vido, du consentement de tout son clergé, donne l’église Sainte-Marie à l’Abbaye de Saint-Claude. Dès cette date, elle fut placée sous le vocable de Saint-Denis en recevant confirmation par l’Empereur Frédéric Barberousse le 16 novembre 1184.
En 1789, Cessy devint une communauté du bailliage et subdélégation de Gex et de l’élection de Belley, une dépendance de la Baronnie de Gex.
Depuis les années 50 et 60, Cessy s’est développée et la construction, assez lente au début s’est considérablement accélérée par la suite, à l’image des autres communes du Pays de Gex.
Malgré cette croissance rapide, la municipalité a voulu et réussi à garder un caractère rural à la Commune. Le cœur du village est le signe de cette volonté, où l’on trouve à proximité un groupe scolaire moderne, une magnifique salle polyvalente, un complexe sportif de qualité, une bibliothèque municipale et une caserne de sapeurs-pompiers.
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