La LGV traverse la Franche-Comté et de nombreux viaducs ont été édifiés. Le premier coup de pioche « officiel » a été donné à Villersexel en Haute-Saône le 3 juillet 2006. La mise en service de ce premier tronçon a été lancée en décembre 2011"
Les 140 km de la première phase de la Branche Est de la LGV Rhin-Rhône ont nécessité la construction de presque 175 ouvrages d'art de toute nature dont 160 ouvrages d'art courants (ponts-route, ponts-rails, passages à faune) et une douzaine d'ouvrages d'art importants.