Le peuplement piscicole du Cher est dominé par les espèces d'eaux calmes (ablettes, brèmes, carpes, gardons et tanches). On note dans une moindre mesure des poissons d'eaux vives comme les barbeaux fluviatiles, les chevesnes, les goujons, les hotus ou les spirlins.
Pour ce qui est des carnassiers, les sandres, perches communes et silures sont très bien représentés. Pour ce qui est du brochet, sa présence est plus limitée compte tenu du déficit de zones de reproduction.
Le Cher est un axe migratoire plus particulièrement pour les truites de mer, anguilles, aloses, lamproies et mulets. Les équipements des barrages pour assurer leur franchissement sont en cours.
Le Cher est un des cours d'eau les plus fréquentés du département compte tenu de sa grande accessibilité, avec des chemins qui le longent presque de façon continue.
Par ailleurs, certains petits affluents comme le Filet ou le petit Cher se prêtent très bien à la pêche de loisir, notamment au niveau des confluences avec le Cher.