Niittylahden opistolla on pitkät perinteet. Pohjois-Karjalan Opisto muutti Kontiolahdesta Niittylahteen vuonna 1899. Nykyinen opiston päärakennus valmistui 1928 edellisen opintorakennuksen palettua maan tasalle paria vuotta aiemmin.
Jatkosodassa päärakennus toimi Karjalan Armeijan esikuntana ja sotasairaalana. Tämän aikaa opisto toimi Joensuun Niinivaaralla. Sodan jälkeen opiston toiminta jatkui ja laajeni. Päärakennus sai seurakseen useita lisärakennuksia.
Rakennuksen historiaan mahtuu myös huonoa tuuria. Sen puusta rakennettu viides kerros paloi vuonna 1957. Tuhoutunut kerros rakennettiin vielä samana vuonna uudelleen betonista, mutta talon rakenteisiin päässeet sammutusvedet aiheuttivat hitaammin ilmeneviä kosteusvaurioita. Huonontuneen sisäilman vuoksi rakennuksessa toteutettiin mittava remontti vuosina 2009-2010.
Niittylahden opistorakennuksen tiloissa toimivat nykyisin Pohjois-Karjalan opisto ja ammattiopisto Niittylahti sekä Humanistisen ammattikorkeakoulun Joensuun kampus.